Badania naukowe potwierdzają różnice pomiędzy cannabis sativa i cannabis indica, jednak istnieją pewne wątpliwości co do ich dokładności. W rzeczywistości, historia sugeruje znacznie prostsze różnice pomiędzy tymi dwoma gatunkami.
Oryginalna klasyfikacja cannabis indica została wykonana przez francuskiego biologa Jean-Baptiste Lamarck w 1785 roku.
Lamarck zaobserwował, że niektóre rośliny marihuany z Indii były odurzające i można było wykonać z nich haszysz. Ale tradycyjne uprawy konopi, które były bardziej powszechne w Europie, nie posiadały efektów wpływających na umysł.
Jean-Baptiste Lamarck wymyślił nazwę cannabis indica, aby odróżnić konopie indyjskie z konopią pochodzącą z Europy, która była w tym czasie znana jako cannabis sativa. Podobnie, cannabis indica została specjalnie rozpoznana jako terapeutyczna w zachodniej medycynie w ciągu 1800 roku.
Naukowcy, którzy badali różnice między gatunkami indica i sativa wymyślili wiele teorii opartych na ich genetyce. Jedna z panujących teorii koncentruje się na genetycznej produkcji THC i CBD.
Rośliny, które produkują duże ilości THC cechuje ekspresja genów, które kodują syntazę enzymu THCA. Enzym ten przekształca CBG w THCA, które staje się THC po podgrzaniu. Rośliny te zazwyczaj przynależą do gatunku cannabis indica.
Z drugiej strony, niektóre rośliny cechuje ekspresja genów, które kodują syntazę enzymu CBDA. Enzym ten przekształca CBG w CBDA, zamiast prekursora CBD. Rośliny te zazwyczaj uważane są za cannabis sativa.
Na podstawie tego wyjaśnienia, rośliny indica cechuje wysoki wskaźnik ilości THC:CBD, a rośliny sativa wysoki współczynnik CBD:THC.
Problem polega na tym, że dzisiaj wiele szczepów produkuje różne ilości obu enzymów. Niektórzy badacze uważają, że jest to spowodowane hybrydyzacją z puli genów, co wyjaśnia dlaczego niektóre rośliny sativa bogate są w THC, a niektóre indica są w nie ubogie.
Badacze zaproponowali również alternatywną teorię na pochodzenie geograficzne. Powszechne gatunki konopi uważa się, za pochodzące z Azji Środkowej, przed oddzieleniem w wyraźne dwa gatunki – sativa i indica.